Arqueología: Con más de 11.000 piezas que resguardan testimonios únicos de las sociedades prehispánicas, producto tanto de investigaciones de arqueología preventiva como de donaciones provenientes de hallazgos de guaquería, estos objetos permiten comprender y valorar las formas de vida, expresiones culturales y dinámicas sociales de las comunidades en el pasado.

Historia Natural: Reconocida en el país por su colección de mariposas, aves e insectos, con más de 20.000 ejemplares, es la base de un amplio trabajo de educación y divulgación científica encaminado a involucrar a las comunidades en el conocimiento y la preservación de la enorme biodiversidad de nuestra región y país.

Geología y paleontología: Constituida por elementos paleontológicos, mineralógicos, petrográficos y relacionados a combustibles fósiles de diversas partes de Colombia. Estas muestras son una herramienta fundamental para comprender la estructura, composición y evolución de la Tierra y su importancia para la construcción y cuidado del medio ambiente.

Etnografía: Con una reserva de más de 400 objetos y artefactos provenientes del Amazonas, el Caribe y la región Andina, en los que perduran las huellas y los saberes de distintas comunidades, permite una aproximación única a la enorme diversidad cultural de la nación, a partir del cuidado, la investigación y la difusión de las piezas que reflejan la historia del territorio colombiano.

Arte: Compuesta en su mayoría por carteles, fotografías y afiches de artistas latinoamericanos y obras pictóricas. También acoge y expone las obras de artistas nacionales y extranjeros en un amplio abanico de formatos creativos, con una cuidada curaduría basada en una tradición artística y reflexiones estéticas que se extiende hasta los comienzos de la Universidad de Caldas en las primeras décadas del siglo XX.